Rice Biology in the Genomics Era

برنج (Oryza sativa) یکی از مهمترین محصولات غذایی اصلی در جهان است. تلاش‌های اصلاحی برای بهبود کیفیت زراعی برنج انجام شده است و مطالعات بر روی برنج از نقطه نظر منافع بیولوژیکی پایه نیز انجام شده است. در سال 1991، کتابی با عنوان برنج (ویرایش دکتر باجاج) به عنوان جلد چهاردهم از مجموعه بیوتکنولوژی در کشاورزی و جنگلداری (BAF) منتشر شد که جزئیات فعالیت های تحقیقاتی برنج در آن زمان و تمرکز عمدتاً بر روی کشت سلولی و بافتی و ژنتیکی بود. تغییرپذیری از آن زمان تاکنون مطالعات روی برنج اساساً پیشرفت کرده است که نتایج آن در زیر ذکر شده است. این دلیل خوبی برای تدوین یک جلد جدید در مورد برنج است. وضعیت در مورد تحقیقات برنج به طور قابل توجهی در 16 سال گذشته تغییر کرده است. ابتدا، توالی ژنومی برنج توسط پروژه بین المللی توالی ژنوم برنج در سال 2004 به طور کامل تعیین شد. از آنجایی که توالی ژنومی Arabidopsis thaliana در سال 2000 تعیین شد، برنج دومین گونه در گیاهان دانه ای شد که ژنوم آن به خوبی شناخته شد. دوم، فناوری تبدیل برنج به روش Agrobacterium با واسطه توسعه یافت و اکنون ایجاد شده است. در آسیب شناسی گیاهی کلاسیک، Poaceae (از جمله برنج) به عنوان میزبان برای Agrobacterium در نظر گرفته نشده است. این روش تبدیل در مقایسه با روش‌های تبدیل مرسوم با استفاده از پروتوپلاست‌ها نسبتا آسان و قابل تکرار است و اکنون به طور گسترده در تحقیقات برنج استفاده می‌شود.

Rice (Oryza sativa) is one of the most important staple food crops in the world. Breeding efforts to improve the agronomical quality of rice have been conducted, and studies on rice from the viewpoint of basic biological interest have also been carried out. In 1991, a book entitled Rice (edited by Dr. Bajaj) was published as the 14th volume in the series Biotechnology in Agriculture and Forestry (BAF), detailing rice research activities at that time, and focusing mainly on cell and tissue culture and genetic variability. Studies on rice have fundamentally advanced since then, whose outcomes are mentioned below. This is a good reason to compile a new volume on rice. The situation regarding rice research has markedly changed in the last 16 years. First, the genomic sequences of rice were completely determined by the International Rice Genome Sequencing Project in 2004. Since the genome sequence of Arabidopsis thaliana had been determined in 2000, rice became the second species in the seed plants to have its genome well understood. Second, the technology to transform rice by the Agrobacterium-mediated method was developed and is now established. In classical phytopathology, Poaceae (including rice) has not been considered as a host for Agrobacterium. This transformation method is relatively easy and reproducible as compared to conventional transformation methods using protoplasts, and is now widely used in rice research.